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在宇智波鼬被隶属于破面军团的忍者势力不断追杀之际，木叶新任的情报部部长药师野乃宇则是带着暗部二番队队长真司及其属下来到了一处位于草之国、泷之国、土之国交界处的小城镇。
这里是出名的三不管地带，因为处于土之国、草之国、泷之国的战略缓冲区，所以三方都不派人管理，自然显得无比的混乱，无论是叛忍还是匪徒，都是随处可见，在这里没有规矩，想要什么都要凭借自己的实力争取。
在这里为了一把忍刀就进行暗杀，不过是一件微不足道的小事罢了，由此可见这里的环境到底有多么的而混乱。
在暗部二番队的保护下，药师野乃宇平安无事的来到了这里，沿途还剿灭了三处根部忍者的**，可谓是收获颇丰。
等到药师野乃宇来到这里之后，看到的场景却不是原本混乱的局面，而是冷清，无比的冷清，但是药师野乃宇对此似乎并不在意，很快就找到一家旅店，出示了自己的令牌之后，旅店的老板便麻利的打开了通往地下**的暗门。
常人根本不知道，这处屹立于三不管地带几十年的小镇，其实是志村团藏的根部忍者建立的，为的就是隐藏根本忍者的踪迹。
所以也只有根部的忍者，才能真的震慑住这座小镇里****的匪徒们，上方大门开启的声音，惊动了下方**中的根部忍者，他们在药师兜的带领下，有条不紊的隐藏了起来，做好了应对一切突发事件的准备。
药师兜无论根部的任务有么的残酷，只要想到自己这么做是为了院长，是为了孤儿院里的朋友，那么药师兜就会全力以赴的做好，所以他在短短几年的时间内获得了极大的成长。
药师兜本来以为在他加入根部之后，志村团藏就会放过药师野乃宇，让药师野乃宇能够做自己喜欢的事情，这样的话，虽然自己身处黑暗，但是心中确能有有一片彩色的世界。
这种期望持续了很长时间，直到药师兜第一次听说根部的首领志村团藏被村子内的人抓捕的消息后，药师兜的期望才开始发生改变，志村团藏的倒台，对于药师兜来说，唯一的感觉竟然是天亮了，他已经迫不及待的想要回到木叶，想要回到有药师野乃宇所在的孤儿院，那里是他人生中唯一具有色彩的地方。
然后药师兜就接到了根部忍者在土之国的负责人的命令，但是药师兜万万没有想到，竟然会在那里看到药师野乃宇。
"院长不应该在木叶吗？为什么会在这里？"
当时药师兜的脑海中都被这样的问题填满，随即他的心中就充满了愤恨，志村团藏一直在骗他，志村团藏根本没有放过药师野乃宇。
然而当他走近药师野乃宇，药师野乃宇竟然没有认出他，这让药师兜的内心瞬间变得一片冰冷，那唯一拥有色彩的回忆也开始崩塌。
就当药师兜以为自己会就此沉沦于黑暗中之际，木叶的暗部到来，送来了木叶新一代的掌权者山本元柳斎重国的命令，以及一份志村团藏来不及发出的命令。
在那名暗部的解释下，药师兜跟药师野乃宇明白了志村团藏的阴谋，对于志村团藏竟然一直用自己小时候的照片欺骗药师野乃宇，甚至还谋划药师兜跟药师野乃宇的生死战，药师兜从来没有这么渴望过杀死志村团藏。
在药师野乃宇离开土之国前往火之国的这段时间里，药师兜都处于一种十分暴躁的状态下，他也不在隐藏自己的实力，轻而易举的就夺取了土之国根部忍者的领导权，因为这是属于药师野乃宇的势力，谁都不能染指。
这也是这片三不管地带为何如此冷清的原因，那些丑陋的人，都已经被药师兜用查克拉手术刀切开了血管，一点点的放血而死。
不过一直等到木叶再次传来命令，药师兜才真正的冷静下来，药师野乃宇竟然被木叶新任的掌权者任命为了情报部的部长，这种变化让药师兜十分的惊喜。
随后药师兜就一直在这里等待着药师野乃宇的到来，在志村团藏手下工作了多年，药师兜远比他的年龄显示的更加成熟，所以他十分轻松地就分析出了木叶任命药师野乃宇为情报部部长的原因。
对于一个有野心的火影来说，根部是不能被割舍的势力，因为根部忍者遍布火之国之外的四大国，跟每一个国家的贵族都有联系。
不过因为根部的建立模式，所以根部的忍者都是忠诚于志村团藏的，现在志村团藏倒了，根部有一部分极端的忍者选择救援志村团藏，但是也有很多庆幸脱离了志村团藏的掌控，但是没了志村团藏的控制，这些人也显得有些无所适从。
这种情况下想要整合根部的情报渠道，除了药师野乃宇之外，药师兜根本找不到第二个人，一旦药师野乃宇掌握了重组后的根部，那么她这个情报部部长就是一个真正的实权部长，加上药师野乃宇的性格，那么从此根部就会发生天翻地覆的变化，再也不会继续志村团藏的那种模式了。
所以药师兜下定决心，一定要帮助药师野乃宇坐稳情报部部长的位子，为此他已经擅自做主，派人联系了潜伏在土之国周边大小国家的根部忍者，所以此时聚集在地下**中的根部忍者，远比药师野乃宇离开时多很多。
不过药师兜也因为自己的大规模行动，触动了一部分对志村团藏忠诚的根部忍者的神经，导致这里已经被那伙带着破碎面具的忍者势力连续冲击了多次，要不是需要在这里等待药师野乃宇到来，药师兜早已带人离开了这处位于土之国、泷之国、草之国交界处的小镇子。
"兜，是我！"
然而一听到这个声音，药师兜顿时就放松了下来，连忙吩咐手下点起火把，随着火把一根根亮起，这处地下**顿时亮了起来。
"院长！"
药师兜走到药师野乃宇的身边，脸上终于带起了一丝真诚的笑容，而不是经过长时间锻炼形成的假笑，同时药师兜隐晦的站到了药师野乃宇跟二番队忍者中间，药师兜早已暗暗发誓，药师野乃宇的安危从今往后就由他守护，他再也不允许任何人伤害到药师野乃宇分毫！