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五月十日，潘奇代表P.L.A.N.T宣布停止对联合军的作战，只针对蓝色波斯菊组织，及其身后以不断挑动战争以卖军火赚钱的LOGOS组织，以及这两个组织的军事力量进行歼灭作战。
五月十二日，东亚共和国宣布退出地球联合。
这一下地球联合的信誉在以潘奇为代表的P.L.A.N.T的拿出真实证据的宣传指责之下，让众多民众对联合的正义性心生疑窦的混乱中打下一记定心针。
地球联合这一由大西洋联邦借机蒙蔽世界劳普大众，强行统合设立领导的用以取代已经崩溃的理事国的国际组织一一完了。
之后眼见东亚共和国干脆利落的退出联合，欧亚联盟倒是想要脱离，可惜欧亚联盟的社会结构决定了他们与蓝色波斯菊、LOGOS的联系相交不浅甚至可以说是对半分了，一时间退出与不退的喧闹在欧亚联盟内吵得不可开交，要是点上一把火，欧亚联盟都有分裂的风险。
至于大西洋联邦，如今已经沦为了蓝色波斯菊、LOGOS的代言人，而已经做大的蓝色波斯菊和LOGOS关系发展到今天可以说是一体两面的存在，一荣俱荣一损俱损。如今P.L.A.N.T直接掀桌，将世界的真相，矛盾的起源，战争的实质一点不剩的扒了出来，再被东亚共和国狠狠踹了一脚，退路已经被堵死，地球联合组织就是最后的牌面，联合军就是保护自己的最后底牌，两个组织更是紧密结合，有敢提出异议的人早就被死亡了。
五月十五日，P.L.A.N.T与东亚共和国联合宣布双方战争状态结束，东亚共和国承认P.L.A.N.T为独立自主国家，双方建立平等外交关系并互设大使馆。
一套下来国际局势风云变幻，快的让人应接不暇。
五月十八日，P.L.A.N.T与东亚共和国联合宣布蓝色波斯菊、LOGOS为反*类的恐怖组织，双方将联合组建人类命运共同体组织，设立联合军剿灭，解放蓝色波斯菊、LOGOS控制下的国家。同日东亚共和国开始百万大军陈兵北境，随时出兵西伯利亚。
五月二十日，驻防于月球基地的地球联合军第8轨道舰队司令杜安·哈尔巴顿少将与原大西洋联邦外务次官乔治·阿尔斯塔联合宣布独立重建新大西洋联邦，同时加入人类命运共同体组织。在ZAFT、东亚共和国的宇宙军出动帮助哈尔巴顿后，月球大西洋联邦所属舰队全部被清理收编到哈尔巴顿元帅麾下，欧亚联盟的舰队在稍作抵抗后投降。
历经三天作战，五月二十三日月球落入P.L.A.N.T、东亚共和国和哈尔巴顿领导的新大西洋联邦三方共同掌控。
至此蓝色波斯菊和LOGOS的宇宙势力被一扫而空，彻底被锁在了地球。
五月二十四日，奥布新任国家领导人卡嘉莉·尤拉·阿斯哈宣布奥布加入人类命运共同体组织，而后以奥布为首的中立国也纷纷宣布加入人类命运共同体组织。
五月二十六日，以P.L.A.N.T守望者号；东亚共和国明眼人都能看得出和守望者号相差不大的朱雀、玄武两艘新锐战舰；新大西洋联邦玛琉为舰长的大天使号、娜塔尔为舰长的主天使号；以及将奥布的政务扔给隆德·蜜纳·萨哈克和隆德·吉纳·萨哈克姐弟成为草雉号舰长的卡嘉莉；四方联合组建一支精英特战部队，以基拉和阿斯兰为主战力，在P.L.A.N.T和东亚共和国的情报组织指引下不断突击蓝色波斯菊、LOGOS的各处人体试验基地并直播曝光。
[BiologicalCPU/生体CPU]
平常的自然人没有特别调整过的OS帮忙的话就不能顺利的操作操纵MS战斗,于是蓝色波斯菊、LOGOS通过用儿童进行非人道的人体试验造出一种为了驾驶MS而人工地增强的人类，这些被增强的人的MS驾驶能力等同甚至超越一般的调整者。
不过蓝色波斯菊和LOGOS并没有将他们分类为驾驶员，而是将他们视为计算机的中央处理单位一样的人类同等物。其中一种生体CPU被称为“BoostedMan”。他们的脑部和腺体中经外科手术安装了微植入物，战斗时将恐惧之类的情感抹除，并提高其进攻性。同时他们也被给予一般剂量的γ-Glipheptin以提高他精力和反应速度，但是当药物时效过后，这些强化人就会遭受戒断症状，生死不由己。
γ-Glipheptin，一种与脑内信息传达有关的激素物质，药效是麻药兼兴奋剂，但是不能在人体内生成，必须定期性的补充。耗尽的话思考能力降低，最终成为废人而死。蓝色波斯菊和LOGOS给这些生体CPU们注射了γ-Glipheptin，因此生体CPU们不能违背和背叛握有γ-Glipheptin的蓝色波斯菊和LOGOS，他们通过这样使强化人保持忠诚……
[战斗用调整者]
蓝色波斯菊和LOGOS为了研究并拥有最强的士兵在调整者技术公布后研究出来的调整者，经过多番失败，终于完成。为了控制这些战斗用调整者，使用了心理控制，通过药物消去了他们的感情等，让他们服从他们的指挥官，并且不能攻击自然人。但是由于大战爆发，他们大部分被“废弃”、“处理”。
随着这一桩桩突破下限的人体试验，特别是看到以无辜儿童当做试验消耗品，看到那些被救出来的凄惨儿童等等各种骇人听闻的真相后。一一蓝色波斯菊和LOGOS彻底失却民心。
至此蓝色波斯菊和LOGOS手下掌握的联合军出现了大批大批逃兵，要不是蓝色波斯菊和LOGOS反应过来强势弹压，恐怕兵力都要丢掉半成了。
六月六日，全面进攻开始。
东亚共和国兵出西伯利亚，这里是蓝色波斯菊和LOGOS除北美外最大的兵工基地，也是反击最强烈的战场之一。面对生死存亡蓝色波斯菊和LOGOS将近半直系部队都派到西伯利亚来了，再加上裹挟的大半欧亚联盟的兵力，看上去能翻盘的样子。
这一个月以来蓝色波斯菊和LOGOS面对愈演愈烈的不利局势竭力生产了大量量产的强袭短剑MS，用以应对到来的战斗。所以东亚共和国面对的就是就是这些强袭短剑。
不过东亚共和国的进攻主力并不是MS，整个西伯利亚战场就一个实验师的MS部队，主力是后方的火箭炮部队，是坦克部队，是空军部队。
与此同时在北非，P.L.A.N.T与新大西洋联邦部队一齐越过地中海，进军欧洲，最终的决战的战火点燃。
六月十日，东亚共和国的军队越过乌拉尔山脉，与北上的P.L.A.N.T扎夫特、新大西洋联邦部队组成的联军呈犄角之势，将蓝色波斯菊和LOGOS的残余部队向北欧驱赶而去，压缩活动空间。
六月十二日，蓝色波斯菊和LOGOS放弃欧洲防线，残余部队由北冰洋狼狈撤回北美洲。
六月十五日，新欧亚联盟成立。
七月十日，对北美决战开始。