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然而，曹操迎天子的过程并不顺利。
曹操的势力范围在兖州刺史部，与洛阳隔着豫州刺史部和司隶校尉部，要去迎接天子，他不如袁绍便利。曹操行动还是比较早的，在建安元年（196）春天献帝一行还困在大阳的时候曹操就动身了，他亲自率主力从兖州刺史部出发向西运动，首先来到豫州刺史部的陈国境内。
这里现在是袁术的地盘，但袁术在这一带的势力并不强，他任命的陈国相袁嗣投降。曹操继续西进，进入汝南郡和颍川郡，这两个郡都是天下知名的大郡，但目前都在黄巾军余部的控制之下，他们的主要头领有何仪、刘辟、黄邵、何曼等人，这些人过去曾依附过孙坚和袁术，算是袁术的盟友。
曹操命于禁指挥青州兵与这部分黄巾军作战，青州兵也是出身于黄巾军余部，打起仗来路数都清楚，于禁的行动进展很顺利。黄邵想来个出奇制胜，他想夜袭曹操的大营，于禁率麾下人马将其击破，斩杀了刘辟和黄邵，何仪等人率众投降，汝南郡和颍川郡基本被曹操占领，于禁因为有功被曹操提拔为平虏校尉。
这时天子已经到了洛阳，曹操派曹洪为先头部队向洛阳进发，但快到洛阳时曹洪所部遭到了董承、杨奉等人的武力抵抗，不能前进。这说明直到现在献帝也没有把曹操当成未来的依靠，还把他看作不速之客。杨奉有一定战斗力，因为他手下有一个能打的猛人，此人名叫徐晃。
徐晃字公明，司隶校尉部河东郡人，年轻时曾在本郡做一名小吏，后追随杨奉镇压黄巾军，因为战功逐步升至骑都尉，成为杨奉手下一名高级将领。
西行受阻，曹操心里有点郁闷，他的一片忠心换来的却是敌意，这让他多少有些无法接受。但由此打退堂鼓的话，不仅失去了一个机会，白跑一趟，而且从此会被贴上“不受朝廷欢迎的人”这样的标签，今后在政治上反而被动了。
真是进退两难。
就在曹操进退不得的时候，得到了贵人的暗中相助，这个人是董昭。董昭此时任议郎，也经历了千里大逃亡，并侥幸活着回到了洛阳。
董昭一向对曹操充满好感，认为曹操的前途不可限量，听说曹操来了洛阳，又在东面被阻，董昭决定用自己的智慧帮助曹操破解难题。董昭发现董承、杨奉、韩暹、张杨这些人互相都有矛盾，就利用他们的矛盾做文章，他觉得这些人里数杨奉最好忽悠，于是找到他，给杨奉拿出一封信，说是曹操专门写给他的。
杨奉打开信，看见上面写道：“久闻将军大名，早就想表达敬意。现在将军率领军队，不怕万难，让天子能重返旧都，这样的功勋举世无双啊！”对杨奉大拍一顿后，信中表示愿意与杨奉结盟：“现今群凶扰攘，四海不宁，天子和朝廷至尊至重，我们的责任就是保护和辅佐，必须依靠众位贤士来重建王朝秩序，这不是一个人能够独立完成的。心腹与四肢相互依赖，互为支持，缺一不可。将军您应当作为京城内的主要力量，我愿意做将军的外援。现在我有粮食，您有军队，可以互通有无，互相接济，同生死，共患难。”
曹操给杨奉写信，为什么要通过董昭代为转交呢？
其实这封信是董昭伪造的，他模仿了曹操的笔迹和口气给杨奉写的信，杨奉却信以为真，看完之后高兴不已，对手下人说：“曹将军的人马就在附近，有兵有粮，正是国家现在要仰仗的呀！”杨奉于是向献帝上书，任命曹操为镇东将军，承袭其父曹嵩的封爵费亭侯。
曹操接到诏书觉得很突然，他后来才知道是董昭暗地里帮了忙。曹操赶紧上表谢恩，董承对曹操的态度也发生了很大改变，他悄悄给曹操写了封信，让曹操带兵来洛阳。董承跟韩暹一向不和，还曾刀兵相见，为了扼制韩暹，董承也想拉曹操为外援。
从被拒之门外到很抢手，曹操的地位一下子发生了反转，他立即率兵向洛阳进发。
建安元年（196）7月，曹操到了洛阳。
洛阳曾是曹操的家，他上学和工作过的地方，但现在已经面目全非了。曹操在南宫旧址上新整修的杨安殿里见到了献帝，君臣正深受粮荒困扰，曹操不仅兵力充足，还带来许多粮食，献帝很高兴，宣布由曹操主持朝廷日常工作（录尚书事），并授予代表天子的节钺，拥有临时决断之权。
曹操一到洛阳，就马上想见到董昭，董昭已改任符节令，是少府属下的司局级干部，尽管曹操从没有见过董昭，但可谓神交已久，一见面曹操就让董昭跟自己并肩而坐。洛阳周边目前还有董承、杨奉、韩暹、张杨等四个实力派人物，不解决他们将来都是后患，曹操利用他们之间的矛盾给予分化瓦解，先联合董承和杨奉攻击张杨和韩暹。
曹操上书弹劾张杨、韩暹，韩暹势力较弱，以为曹操要对他下手，只身匹马跑到张杨营中躲了起来，献帝念在二人迎驾有功的分上，要曹操不再追究。
8月，献帝下诏撤销韩暹司隶校尉的职务，改任曹操为司隶校尉。司隶校尉可以纠举百官，在曹操的主导下，诛杀了尚书冯硕、议郎侯祈、侍中台崇三人。这三个人是什么情况史书没有详细交代，曹操为何掌权伊始就大开杀戒，原因也不太清楚，也许这三个人早已恶名在外，诛杀他们既为自己立威，又顺应了民意。
献帝还下诏封十三个人为侯，奖励他们一路上护卫天子的功劳。这十三个人是：卫将军董承、辅国将军伏完、侍中丁冲和种辑、尚书仆射钟繇、尚书郭溥、御史中丞董芬、彭城国相刘艾、冯翊郡太守韩斌、东郡太守杨众、议郎罗劭、议郎伏德、议郎赵蕤。一罚一赏，曹操进一步确定了自己的权威，加上兵力最强，有充足的后援保障，曹操对朝廷的控制力迅速增强。
但是，洛阳周围十分残破，没有老百姓，朝廷在这里落户下去十分困难。而且董承、杨奉、张杨等人都掌握一定实力，随时可能向曹操发起突然攻击，这样的局面让曹操始终有如履薄冰的感觉。
如何摆脱这种被动局面？曹操问计于董昭，董昭向他建议：“将军您兴义兵、诛暴乱，入朝天子，辅翼王室，建立了不朽功勋，然而洛阳诸将人殊意异，未必服您，您如果留在这里辅佐圣驾，很多事情会有所不利，不如迁都到许县。朝廷刚刚还都，上上下下都期望尽快安定，马上迁都的话可能大家不好接受，不过要做成非同寻常的大事，就得有超越常规的举措，希望将军您能果断行事！”
曹操很赞同这个建议，但也有顾虑：“先生的建议很合我的想法，不过杨奉驻扎在梁县，听说他手下都是精兵，不会影响到迁都吧？”董昭说：“杨奉这个人缺少外援，之前授予您镇东将军、承袭费亭侯都是杨奉决定的，听说最近他又写信约束部下，足见他没有太大野心。可以派人去向他表示感谢，以安其心。对他说京都缺粮，想让圣驾暂幸鲁阳，鲁阳那边粮食运输容易。杨奉这个人有勇无谋，他一定不会怀疑。”
曹操听完董昭的话，茅塞顿开。
董昭提到的许县属豫州刺史部的颍川郡，曹操进军洛阳走的也是这条路线，在基本肃清了颍川郡内的黄巾军余部后，这里已经为曹操所掌握。颍川郡之所以人才辈出，与它独特的地理位置及自然条件有关。这里地处中原腹地，沃土千里，气候温和，雨量充足，生物茂繁，自旧石器时期以来，一直是人类文明的聚集区。
颍川郡共有15个县，几乎每个县都有不少名人，如阳翟县的辛评、辛毗、赵俨、郭嘉，襄城县的李膺，颍阴县的荀氏诸杰，许县的陈寔父子，长社县的钟繇，阳城县的杜密等。许县位于颍川郡的东部，曾经是古代许国的国都，许国虽然不大，却前后传承了十九世，存在600多年。
曹操也看中了许县这个地方，一来这里在自己的控制下；二来许县有600年作为国都的历史，城市建设有一定基础；三来这里物产丰富，颍川郡以及相邻的汝南郡、南阳郡一带是当时最重要的经济区，有利于长期的后勤保障供应；四来自己手下有许多谋士是这里的人，颍川郡乃至汝南郡的这些世家大族会站在自己这一边。
献帝本人可能也会倾向于迁都，原因很简单，再待在这里文武百官及宫人们恐怕都要饿死了，只要能提供粮食，迁到哪里去献帝都不会特别反对。
只要献帝不反对，董承也不会反对。张杨驻扎在黄河以北，可以暂时不管他，韩暹已没有太大势力，反对不反对无所谓，几个实力派人物中关键是杨奉，他驻扎在洛阳以南的梁县，又和颍川郡紧邻。
曹操于是派人去找杨奉，先对此前的事表达感谢之意，然后以洛阳残破、粮食不足为借口迁献帝到鲁阳。鲁阳这个地方属于荆州刺史部的南阳郡，和梁县很近，此时属杨奉的控制区，杨奉自然也乐意。
最近以来，杨奉对曹操确实印象颇佳。
杨奉过去是李傕的部将，但再往前他也出身于白波军，跟董承、张杨这些人没有太深的渊源，目前虽然实力数他强，但总觉得别人会在背后算计自己。曹操到来后，杨奉潜意识中把曹操当成了知己，杨奉希望曹操的到来可以使洛阳的权力结构更加平衡。
对曹操提出的迁献帝到鲁阳的建议，杨奉果然觉得挺不错，他举双手赞成。洛阳的残破有目共睹，后勤保障已经成了大问题，也只有离开洛阳一条路。与其让天子被张杨迎到黄河以北去，肯定不如弄到自己眼皮底下好哇。
杨奉支持，献帝愿意，董承不反对，曹操不再征求张杨、韩暹的意见，8月中旬护送献帝一行离开了洛阳，向南开进。献帝一行到达洛阳八关之一的辕关，再往前就出了司隶校尉部，如果往鲁阳，还要继续向南走。
但大队人马却突然改变了行进的方向，向东面转进。杨奉接到报告大吃一惊，等他派人再探的时候，献帝一行已经到了许县。杨奉这才知道，原来上当了！杨奉大怒，立即联合韩暹率兵来抢献帝，但曹操早有准备，派兵在颍川郡的阳城一带设伏，把杨奉、韩暹击退。
曹操把天子一行迎到了许县，因为还要对县城进行重新修整，新建天子的行宫以及明堂等祭祖之所，所以先暂时让献帝住在自己城外的军营中。等大体上把许县的事安顿得差不多了，曹操亲自率军西征，进攻杨奉的基地梁县，杨奉不是对手，战败后投奔袁术去了。此战中，杨奉手下第一猛将徐晃归顺了曹操。
但是杨奉似乎没有到达袁术那里，他后来又和韩暹联起手来，这二位仁兄，一个曾是天子正式任命的大将军，一个曾是车骑将军，居然又干起了老本行，成为一支流寇。
打败杨奉后曹操回师许县，着手朝廷内外的各项建设工作。
许县这个小城因为献帝和朝廷的到来，迅速成为帝国现阶段的政治中心，天子的后宫、朝廷办事部门以及曹操的军事指挥机构一股脑儿地涌到这里，有些拥挤，但也只能因陋就简，先安顿下来再说。
百废待兴，一切都还没理出头绪来，曹操却先听说了一件事，让他吃惊不小，太史令王立不知出于什么动机，多次跑去找献帝，让献帝直接把皇位让给曹操。
王立其人事迹不详，太史令在秦时和汉初掌修史，最著名的太史令是司马迁，东汉时修史的职责转到兰台和东观，太史令专掌天时星历，国祭、大丧、皇室娶嫁及时节禁忌都要听取他的意见，虽不算部长级高官，但在一些国家大事上却有发言权。献帝搞不清他是什么来路，想训斥又怕他是曹操授意的，听完只好一言不发。
王立来了劲，又多次找献帝说这事。曹操听说后，觉得得赶紧制止这个二杆子，他让人给王立捎话：“知道你的心意，然而天道深远，请勿多言！”
献帝东归期间朝廷三公九卿等高级文官随驾同行，有好几个人死于战乱，目前已有不少缺员需要补充。此外，献帝一路上还封了不少将军，根据新形势，也要做出相应调整。
献帝近一段时间以来任命过的高级将领，按军职自高到低共有：大将军韩暹、骠骑将军张济、车骑将军郭汜、征北将军李乐、征西将军胡才、前将军公孙瓒、后将军杨定、右将军袁绍、卫将军董承、镇西将军韩遂、平东将军吕布、安南将军刘表、安东将军张杨、宁辑将军段煨、辅国将军伏完等。曹操自己是镇东将军，和吕布的地位差不多。袁绍虽然自称车骑将军，但朝廷从来没有承认过，朝廷给他的正式军职是右将军，还是不久前郭图出使河东郡时由献帝正式任命的。
按照曹操的意思，献帝下诏重新明确了帝国高级将领，该撤的撤，该留的留。韩暹、张济、郭汜、马腾、韩遂、李乐、胡才、杨定、张杨、段煨这些人，多出自凉州军和白波军，彼一时，此一时，他们现在大多数人已经成为朝廷的敌人，对他们的任命全部撤销，没有合适的人继任就先空着。
袁绍、吕布、刘表、公孙瓒等人属于地方实力派，虽然不在朝廷控制之中，但有个头衔在，名义上他们都归许县朝廷领导，还是保留着。董承和伏完二位都是献帝的老丈人，军职自然不能撤。
韩暹空出来的大将军一职，献帝下诏授给了曹操。这个任命可能有点问题，因为大将军的地位很高，已经超过了三公，这样一来有人就会不服气，后来为了这个任命，有人差点要跟曹操翻脸。
随后曹操还对朝廷的文官体系进行了大幅度调整，现在的三公是太尉杨彪、司徒淳于嘉、司空张喜，他们倒是全都逃了出来，但对这几个位置曹操还想另作安排，在他的要求下，献帝下诏将这三个人同时免职。
曹操把太尉一职送到了袁绍。毕竟，袁绍曾经是关东联军的总指挥，也是自己名义上的领导，现在曹操担任了大将军，为了安抚袁绍，就把太尉一职让给了他。司徒一职曹操给了名士赵温，司空一职暂空。
近一年来，死在东归路上的部长级高官包括：太常王伟，光禄勋邓泉，京师卫尉士孙瑞，廷尉宣播，大司农张义、朱儁，宫廷少府田芬等。在曹操的主持下，朝廷先后征召名士赵岐、张俭、桓典、徐璆、陈纪等人补充进来，加上还在位的韩融、荣邵、杨琦等人，基本上保证了朝廷的日常运转。
赵岐本年90多岁了，他是曾经出使过关东的老臣，当年是他与袁绍、曹操相约迎献帝回洛阳。张俭是个老党人，本年也已经83岁了。陈纪之前说过，本年也71岁了，不过他就是许县人，在这一带很有影响力。这些人不大可能再做什么实质性的工作了，比如像张俭，一到许县来就关起自家的门不出，把公家配的专车挂了起来，根本不问任何事。这倒正符合曹操的意思，把这些老前辈抬出来本来就只是个招牌，目的是扩大新朝廷的影响力。
对于朝廷日常办事机构尚书台曹操比较重视，这可不是一个虚设部门，内外沟通、随时掌握宫内动态都全靠它了，对于由谁来掌管这个要害部门，曹操心里早有了合适的人选。曹操属意的人就是荀彧，他曾在天子身边担任过守宫令，熟悉宫内事务，他性格沉稳，考虑问题周全，出身大族，容易与天子及各位老臣沟通，最重要的是，他对自己忠心耿耿，是可以信得过的人。献帝下诏任命荀彧为尚书令，负责处理朝廷日常事务。曹操出征在外，荀彧实际上成了后方的大管家。荀彧也不负期望，把各项事务处理得井井有条，为曹操分了不少忧。
曹操还把程昱调过来当尚书，协助荀彧工作。程昱的任命虽然下达，但兖州那边仍然离不开程昱，曹操让程昱以东中郎将、济阴郡太守的身份代替自己主持兖州的各项事务。曹洪、曹仁以及夏侯惇、夏侯渊等人负责掌握部队，没有进入到朝廷任职，随着控制区范围的扩大，曹操还让他们兼任一些地方行政职务，如夏侯惇担任陈留郡太守，夏侯渊担任颍川郡太守，曹仁担任广阳郡太守。
朝廷迁到许县后，洛阳方面也不能放弃，曹操此时兼任着司隶校尉一职，洛阳属于自己的辖区，他让为自己立下大功的董昭以洛阳令的身份留守在旧都。