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建安十九年（214）还发生了一件大事，就是伏皇后事件。
早在荀彧去世前伏皇后事件已经暴露，但曹操一直引而不发。一直到建安十九年（214）的11月，各项政治改革完成后，曹操才把这件事公布出来。
献帝刘协的正妻伏皇后多年前写的一封信被公布，在这封信里伏皇后以激烈的语言表达了对曹操的不满，并请自己的父亲、时任屯骑校尉的伏完设法除掉曹操。绝大多数人对此事并不知情，这封信一公布就在政坛上激起了巨大波澜，十多年前董承事件让人记忆犹新，而伏皇后的地位和影响远大于董承的女儿董贵人。
伏皇后名叫伏寿，今年35岁，比天子大一岁，她是豫州刺史部琅邪郡东武县人。东武县即今山东省诸城市，本地的伏氏是汉代著名的经学世家，名门望族，历代多有显官达宦。伏寿的父亲伏完是前大司徒伏湛的八世孙，世袭不其侯的爵位，后来娶了桓帝刘志的女儿阳安公主刘华为妻，是桓帝的女婿。
早在初平元年（190）伏寿就被选进皇宫，开始是贵人，兴平二年（195）被立为皇后，那一年她才16岁。她陪伴献帝度过了在长安那段最痛苦难熬的时光，又在东归途中吃尽了苦头。
有一次，献帝东归的队伍被李傕的军队追击，身边的人四处逃散，只有伏皇后等少数几个人，他们被逼到一条河边，献帝受到惊吓不敢过河，伏皇后背着献帝蹚水过河，才到了河对岸。过了河又碰到乱兵，这帮人举刀就要乱砍，关键时刻伏皇后趴到献帝身上大喊：“这是万岁陛下！”正是伏皇后的勇敢才让献帝免于一死，献帝的脚却受了伤，伏皇后把衣服撕了为他擦血、包扎伤口。所以伏皇后和献帝算是一对患难夫妻，他们历经了兵乱、饥荒和逃亡，到了许县才慢慢稳定下来。
伏皇后的父亲伏完开始被拜为辅国将军，享受三公的待遇，但与董贵人的父亲董承相比，他手中并没有什么实权，因而也避免了董承的下场。伏完对自己的处境很清楚，于是主动提出辞去军职，被改任为中散大夫，后来又改任屯骑校尉，这是北军五营之一的指挥官，原来也是一个举足轻重的角色，但此时许县的防卫工作都由曹操派来的嫡系部队掌管，伏完的这个职务也只能是挂名。
伏皇后可能目睹了董承事件，尤其是董贵人在怀有身孕的情况下仍然被杀，使她深受刺激，恐惧、愤懑之下她给父亲写了那封密信。
建安十四年（209）伏完去世了，他世袭的不其侯爵位由儿子伏典继承。按说伏完一死这件事也就带到坟墓里去了，只要伏皇后自己不说，也就不会有人知道。
但是，建安十九年（214）11月曹操却神秘地拿出了伏皇后写的那封信，把这桩旧事端了出来。之前说过，这件事曾把荀彧牵涉了进去，曹操之所以能得到这封信，与伏完的妻弟樊普告密有关。樊普其人不详，伏完的妻子是桓帝的女儿，那樊普有可能是桓帝另一个女婿。
曹操翻出这件旧案，目的是打击献帝，他强迫献帝下诏废除皇后，献帝不得已，只得违心下诏：“皇后伏寿出身卑贱，登显尊之位身处后宫，既没有贤良美德，又没有美好才华，却私下里怀有妒忌之想，包藏祸心，不能承天命，奉祖宗。”曹操命令御史大夫郗虑拿着皇帝的信物以及诏书到后宫向伏寿宣布决定，收缴伏寿的印绶，强行将她迁出中宫，移到别的宫室居住。
荀彧被免去朝廷的尚书令一职后继任者是华歆，郗虑去抓伏皇后，华歆是副手，他带兵直接进入宫中搜捕，献帝把伏皇后藏在夹壁墙中，但被华歆发现，华歆命人把墙砸开，把伏皇后弄了出来。献帝正跟郗虑坐着说话，伏皇后披头散发、光着脚被人拉了过来，她拽着献帝的手说：“就不能想办法让我不死吗？”献帝也悲愤难当，他对妻子说：“我都不知道自己能活到什么时候。”献帝转过头来对郗虑说：“郗公，天下难道有这样的事吗？”
伏皇后被关进宫廷里的监狱，最后幽禁至死。伏皇后与献帝所生的两个皇子也都被鸩杀，受此株连，伏氏一族男性中有100多人被杀，女性中有19人被流放到幽州刺史部涿郡。
一向比较能容人的曹操在处理董贵人、伏皇后事件上表现得十分严厉，这是他对此类事件的一贯态度所决定的，十多年前处理董承事件中他也是如此果断，甚至更为残酷，就连怀有身孕的董贵人也没有放过。
在曹操看来，可以接受战场上的降将，可以原谅背叛过自己的人，但不能容忍有人在身边搞阴谋。通过伏皇后事件曹操再次向世人表达了他在政治上的诉求，那就是凡涉及政治问题、政权问题他都不会有半点让步，无论是天子还是皇后，凡在政治上向他发起挑战的，都将受到无情打击。
还有一种解读，认为曹操此举是为自己的女儿当皇后扫清障碍。一年前，即建安十八年（213）的7月曹操有三个女儿同时被聘为贵人，她们的名字分别是曹宪、曹节和曹华。曹操有25个儿子，如果按照男女出生比例大致相当的算法，他的女儿也为数不少，但留下名字的只有这三个，其他知道名号的还有清河公主、金乡公主、安阳公主、高城公主等少数几个，其中清河公主是曹操的长女，嫁给了夏侯惇之子夏侯楙，安阳公主嫁给了荀彧之子荀恽，金乡公主嫁给了曹操自己的养子何晏。
在这三个女儿中，除曹宪年龄较长外，曹节和曹华年龄还小，暂时留在家中。第二年春天，献帝派太常卿王邑、宗正卿刘艾持节前往魏公国迎接其余二女入宫。仪式相当隆重，王邑、刘艾带着五位副手，以及黄门侍郎、掖庭丞、中常侍各二人，携带了“束帛驷马”等聘礼前来“魏公国”迎接，在魏公宗庙前授给两位贵人印绶，随后两位贵人到邺县城内的延秋门拜别父亲曹操，并在此登车。曹操派魏公国的郎中令、少府、博士、御府乘、黄厩令以及丞相府的有关人员侍送贵人。两位贵人到达许县附近的洧仓，暂时在此下榻。献帝派人迎接入宫，御史大夫郗虑及以下全体高级官员在宫中集会，招待魏公国使者在殿中饮宴。
到伏皇后事件发生前许县宫里刚刚有曹操三个女儿当贵人，所以伏皇后被废不由得不让人产生联想，这是不是一场策划好的阴谋？关于这样的说法在当时一定会议论纷纷。
对于这些议论，曹操干脆用行动直接给予了还击。
伏皇后被废的第二年，即建安二十年（215）的正月，曹操让献帝下诏册立曹节为新皇后。曹节是曹操进宫的三个女儿中年龄排在中间的一个，有史书说曹操的爷爷曹腾的父亲叫曹节，对此很多人表示怀疑，因为曹操的这个女儿也叫曹节，曹操总不可能会给女儿起个与她曾祖父相同的名字吧？所以有人解释，曹腾的父亲名叫曹萌，繁体字的“节”与“萌”很相近，造成了传抄的错误。
董承事件后曹操对献帝的后宫一直不放心，三十多岁的献帝也不是个肯于安分的人，如果再出一个董承那样的人，不知道会弄出什么事来。现在不管怎么说，女儿成了皇后，曹操对天子的控制更进了一步，他再也不用担心后宫里有人搞阴谋诡计了。