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除了卫军，赵旉早就已经开始筹建的内卫系统也正式建立，分为部队与情报两大部门。前者包括以斥候为主的“内卫”部队和负责记录官兵功过并执行赏罚的军法处，后者则包括军情司、内情司这两大情报分析机构。
虽然目前才刚刚起步，但内卫系统的核心成员已经超过了五千人，其中精锐的内卫骑兵有三千人，虽然目前甚至做不到一人一马，但先训练人员总是没错的。
尽管赵旉极为看重内卫系统，但他也知道情报人员若失去约束，只会令国内人人自危，而且内部也会迅速腐化。所以，赵旉规定内卫系统的情报人员只有查访的权力，却不能抓捕人犯和进行审讯，除非得到他亲自授权，这样一来他们便无法为所欲为。
而且赵旉又将两个司内部分成很多彼此独立的小团队，令其互相监督，并不定期地进行大规模人员调整甚至换血，有效地防止了其内部的腐化。
而对于“内卫”们，他们平时大多派驻卫军各部帮助他们侦查敌情，但必要时赵旉或者内卫的主将王德都可以将其调出集中使用。王德是个粗人，不给他配个文官是不行的，可惜淮西目前虽然已经人才济济，却没有一个文官适合从事整天隐藏在阴影之中的情报工作。
赵旉无奈之下亲自负责了一小段时间，然后在一次意外的惊喜后，将其移交给当时年方十二岁的“黑狗”孙默，这位沉默寡言的少年也因此成为“四杰”中第一个出头的，但他的一生却也因此笼罩上了太多的谜团
除了军队本身和情报部门，武器装备对军事实力的影响也不可轻估，赵旉对军工部门也予以了高度关注。工匠待遇的大幅度提高，和他们内部收入差距的拉开，极大地激发了工匠们工作的热情，但赵旉并不满足。
在他看来大宋的兵器装备次品率太高了，而且生产速度还是太慢。于是，赵旉制定了一系列的规章制度，对次品率偏高的两成工匠予以重罚，在前半年更是每旬都有人被处死
虞允文和高宣等官吏有所不忍，纷纷劝赵旉手下留情，谁知赵旉却反问道“他们不该死，那使用劣质兵器而枉死的士兵们难道就该死吗？”后来他还将此事大肆渲染，借以赢得官兵们的支持，虞允文等人也只得苦笑无语了。
其实赵旉这样残酷，并非是为了现在，对于冷兵器来说，纵使质量稍差也未必不能用，可将来使用火枪大炮之后，这质量若不能保证，炸膛可是会死人的！而且若是因此令枪炮手心生畏惧而不敢装足发射药，那宋军纵使大面积装备火器，也只是浪费金钱而已
等到工匠们渐渐适应了严酷的制度后，赵旉又在军工部门推广分工协作，却遇到了一个大难题。
中国古代虽然从秦始皇开始便统一了度量衡，但由于官僚制度的长期影响，中国人在工作时普遍不够认真，再加上官僚制度下工匠们干起活来缺乏严格监督，自然就更加随便，在这种情况下精确的度量工具在中国几乎是凤毛麟角。以最常见的直尺为例，同样尺寸的两把尺子，长度竟然可以相差接近一成，难怪赵旉前世的历史学家们对于宋尺的长度，一直争议很大了。
赵旉绝不能容忍这种情形继续下去，但要想改变这一切，首先得度量衡实现精确化。
在赵旉想来，宋朝时期只需定准长度、角度、重量即可，而硬度标准目前还没那个条件制定，温度计也不是那么容易就能制造出来的，光真空管的制作就令赵旉束手无策，至于其他的大多数计量单位都可以根据精确的长度、角度和重量单位推算出来，所以倒不必专门花工夫。
标准尺长定为多少并不重要，只要不太离谱就行，关键是那把标尺必须稳定可靠。为此赵旉试验了多种合金，找出了不易锈蚀而且热胀冷缩比例最小的一种铸成了三把金属直尺，并将其中之一拿出作为淮西境内所有直尺的标准参照。
赵旉甚至还规定，在一年之内，淮西境内所有的直尺都必须送到合肥接受鉴定，并印上合格标识，若在交易中使用没有合格标识的直尺，其主人将受到欺诈罪的指控。而重量的标准样品则要简单得多，只需具有足够的硬度和不易锈蚀即可，但推广的速度却反而不如长度更快，因为样品的数量多太多了
不过，硬件再好，若软件过不了关，一样歇菜。而对军队来说，最重要的软件，自然是军事制度，尤其是赏罚与用人制度。赵旉借鉴前人（还有后人）的经验教训，在近千年后再次力推商鞅当年极力倡导的“尚首功”理念。
不过，考虑到历史上秦军因为过于重视斩首数而常有杀良冒功的行为，而令秦军得到了“虎狼之师”的恶名，使得统一天下的难度大大增加，赵旉并没有完全套用秦国的军功制度。
赵旉认为，在战术上来看，比起杀死多少敌人，部队是否很好地完成了分派给他们的任务更为重要。
举一个极端的例子，若一千人坚守城隘，将两万敌军拖住，为本军主力歼灭另外一万敌军赢得了时间，他们的功劳难道比本军主力的将士们小吗？可是按照首级记功制度，他们将一个首级都没有，所以后世再没采用秦制也并非全无道理。
赵旉既然意识到这一点，自然要多加斟酌，最后他规定只有主将下达相关命令，首级才计入功勋，大多数情况下则以任务完成情况作为评判的主要标准，而且首级只在战后由专门的辅兵割去，然后平均分给完成任务的部队。
而对于任务功勋，赵旉采取了对其分级的做法，至于具体内容则要不时请教吴璘和“二王”等宿将。（事实上赵旉到现在为止作出的几乎所有决定，无不是与这些内行讨论之后的结果，但偶尔他也会一意孤行，一则是他基于前世记忆，确是十拿九稳，二则是他也藉此凸显自己才是淮西真正的领袖。）不过对于南宋军队普遍擅长的攻城战与守城战，赵旉却有着一些独特的想法
南宋军队在攻城方面还是比较强的，毕竟大宋科技领先于世界，史书上宋军的战绩也多以攻克某某城池来表示，杀敌人数则往往语焉不详，即使有记载也大多混乱不堪。
但将攻占城池作为大功，却产生出了一个近乎于“黑色幽默”的现象，在绍兴十年以及后来的数次（含灭金之战）北伐中，宋军无不是开始势如破竹，但最后还是乖乖地将所有新占土地吐了出来，灰溜溜地撤回国内，甚至连百姓都没有带出多少。这种典型的无用功，却成了很多将军或文臣的晋身之阶，实在是太可笑了。
所以赵旉规定，攻占的土地城池，必须置于我军控制下超过一年，才能算作功勋，这样一来大将们对于北伐也会更慎重一些。免得总在实力不足时就急吼吼地出击，结果反而一次次地徒耗国力，到了真正有机会收复失地时却没那个实力了
守城就更是宋军的强项，像赵立、陈规都是其中的翘楚。守城的价值一般来说，主要有两个方面，一是牵扯住敌军主力，以配合我方主力实现战略意图；二是保卫当地百姓的生命财产不受敌人杀掠。至于杀伤敌军有生力量，除了个别情况，一般来说是远不能和野战相比的。